Из числа инфекций, управляемых средствами специфической профилактики, за 2016 год среди москвичей не зарегистрировано случаев заболевания дифтерией и полиомиелитом, значительно снизилась заболеваемость корью (9 случаев, против 230 – за аналогичный период предыдущего года).
Отмечается стабилизация или снижение инфекционной заболеваемости скарлатиной, геморрагической лихорадкой с почечным синдромом, гонореей, микроспорией, педикулёзом, сальмонеллёзами, острыми кишечными инфекциями установленной этиологии, аскаридозом, геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (ГЛПС), завозных случаев лихорадки Денге, поражённости педикулёзом и др.
Согласно статистической отчетной формы 2 за  9 месяцев текущего года заболеваемость ВИЧ-инфекцией среди москвичей снизилась на 6,5%, выявлено 1 683 случая заболевания, из них 367 случаев (22 %) среди мигрантов.
В городе продолжается иммунизация населения против гриппа, по состоянию на 20 октября 2016 года вакцинировано против гриппа  3 498 692  жителя  города Москвы, что составляет 29 % от населения города.
В Москве завершен сезон активности клещей. Показатели обращаемости населения с укусами клещей в текущем году снизились по сравнению с эпидемическим сезоном 2015 года на 13,7%. Мониторинг инфицированности клещей проводил ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве».
В лабораториях г. Москвы методом ПЦР проведено исследование 24 891 особей иксодовых клещей, из них в 16% был выявлен возбудитель клещевого боррелиоза. Число заболевших клещевым боррелиозом в городе снизилось на 20%.
С целью обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения столицы с начала  2015 года оформление и выдача патентов иностранным гражданам на работу в Москве осуществляется в Многофункциональном миграционном центре. Для получения патента на работу в центре проводится медицинское освидетельствование иностранных граждан и обследование на наличие инфекционных болезней, представляющих опасность для окружающих. До открытия центра медицинское освидетельствование иностранных граждан осуществлялось негосударственными медицинскими организациями, где отмечался крайне низкий уровень выявления инфекционной патологии.
За 9  месяцев текущего года в миграционном центре обследовано 337 357 иностранных граждан, среди которых выявлено 2 267 случаев инфекционных заболеваний, представляющих опасность для населения (ВИЧ-инфекция, туберкулёз, сифилис). С открытием миграционного центра выявляемость инфекционной патологии среди мигрантов увеличилась в 3,4 раза.
Мигранты с выявленными инфекционными заболеваниями, представляющими опасность для населения, не получают разрешения на работу (патент) и подлежат принудительной депортации.
Эпидемиологическая ситуация в городе Москве находится на постоянном контроле Управления Роспотребнадзора по городу Москве.